Základní kámen libeňské synagogy byl položen  23. 11. 1846 za přítomnosti arcivévody Štěpána. Vysvěcena byla až v roce 1858.
Jedná se o jednoduchou trojlodní stavbu postavenou v novoromantickém slohu. Původní fasáda měla bohatší štukovou výzdobu, střední okno mělo bohatší plastické lemování s motivem Mojžíšových knih s desaterem a hvězdou ve vrcholu. Nyní je stavba téměř bez ozdob.
Synagoga sloužila pro bohoslužby do roku 1941, kdy byla uzavřena a zrušena. Nacisté tu ukládali zabavený židovský majetek, v době komunismu tu byl sklad - nejdříve ovoce, poté sklad kulis nedalekého divadla S.K. Neumanna.
V 90. letech byla synagoga vrácena židovské obci a příležitostně slouží pro umělecké aktivity občanského sdružení Serpents.
Při mojí návštěvě však synagoga působila chátrajícím dojmem, takže je možné, že se zde žádné divadelní představení už nehraje.